Mitropolit SPC u Crnoj Gori Joanikije Lipovac podržao je u Drugom svjetskom ratu nacifašističke okupatore i njihove saradnike – četnike. O tome svjedoče njegovi brojni javni istupi. Mitropolit je svečano dočekao italijanskog okupacionog guvernera Crne Gore generala Pircija Birolija u manastiru Ostrog 18. oktobra 1942. godine. Tada je Biroliju održao zdravicu, koju je objavio kolaborantski list „Glas Crnogorca“ 20. oktobra 1942. godine. Joanikije je Biroliju, između ostalog, rekao: „Radostan je danas sav naš narod sa područja Guvernorata Crne Gore što je Vaša ekselencija sa Vašom cijenjenom Gospođom i Vašim eminentnim saradnicima, kao sin pobožnog italijanskog naroda, došao u Sveti Ostrog… Vaša pobožna i herojska duša osjetila je da je pravo da se ovdje u ovoj našoj najvećoj svetinji zajednički pomolimo Gospodu Bogu za vječni pokoj poginulih italijanskih i naših boraca u borbama protiv partizana i da se pomolimo da i dalje među nama vlada međusobno poštovanje i sloga, da se još više učvrste i umnože, kako bi do kraja rata u našoj zemlji vladao mir, red i rad.“ Mitropolit je Biroliju poklonio blagosloveni spomen-krst.
Lipovac je bio antisemita. U čestim javnim osudama komunizma navodio je da su za nastanak ove ideologije krivi Jevreji i da su oni među glavnim izazivačima rata. U Božićnoj poslanici 1944. godine osudio je Jevreja Karla Marksa. Mitropolit je 4. januara 1944. godine na Cetinju učestvovao na novogodišnjem prijemu kod dr Kramarca, političkog predstavnika Njemačkog rajha za Crnu Goru. Joanikije je s Njemcima, četnicima i u pratnji 60 sveštenika napustio Crnu Goru krajem decembra 1944. godine.
Dok je mitropolit Lipovac dosljedno i do kraja rata podržavao okupatore i četnike, 34 sveštenika SPC u Crnoj Gori su tokom Drugog svjetskog rata bili pripadnici Narodnooslobodilačkog pokreta. Od toga ih je 6 odlikovano partizanskom „Spomenicom 1941“. Mitropolit Lipovac je u aprilu 1942. godine izdao naredbu da se sveštenici koji se bore u redovima Narodnooslobodilačkog pokreta otpuste (raspope) iz službe i zabranio im je svešteničko dejstvo. Jedan od tih sveštenika bio je arhijerejski namjesnik u Kolašinu, protojerej-stavrofor Jagoš L. Simonović (1893-1946). Učestvovao je u Trinaestojulskom ustanku. Bio je među 5 sveštenika koji su s još 60 partizanskih delegata organizovali Skupštinu rodoljuba Crne Gore i Boke u manastiru Ostrog 8. februara 1942. godine. Tada je usvojena odluka o formiranju najvišeg organa vlasti Narodnooslobodilačkog pokreta u Crnoj Gori i odlučeno je da se nastavi beskompromisna borba protiv fašističkog okupatora i njegovih domaćih pomagača. Simonović je učestvovao na Konferenciji rodoljuba Crne Gore, Boke i Sandžaka na Tjentištu u junu 1942. godine. Nakon toga je bio vjerski referent u Četvrtoj crnogorskoj udarnoj brigadi. Bio je delegat na I, II i III zasijedanju Zemaljskog antifašističkog vijeća narodnog oslobođenja (ZAVNO) Boke i Crne Gore, odnosno Crnogorske antifašističke skupštine narodnog oslobođenja (CASNO) u Kolašinu 1943. i 1944. godine. Tada je glasao za odluku o obnovi crnogorske državnosti. Izabran je za člana Vjerske komisije CASNO. Bio je predsjednik sreskog odbora Narodnog fronta u Kolašinu i član Glavnog odbora Narodnog fronta Crne Gore 1945. godine.
Tokom Drugog svjetskog rata sveštenstvo SPC u Crnoj Gori ideološki se podijelilo na većinsku kvislinšku i anticrnogorsku opciju koju je predvodio mitropolit Lipovac i na manjinsku antifašističku i procrnogorsku opciju čiji je istaknuti predstavnik bio protojerej Simonović. SPC (Crkva Srbije) u Crnoj Gori se tokom 90-ih godina XX vijeka odlučila za rehabilitaciju četničke politike mitropolita Lipovca. Za te potrebe SPC je, na inicijativu njenog ogranka iz Crne Gore, mitropolita Lipovca proglasila za sveca 1999. godine, kao Joanikija I. Politika mitropolita Lipovca je uzor politici Crkve Srbije. Zbog toga SPC hoće da u Kolašinu, uz pomoć svojih sluga iz Demokratskog fronta, Demokrata, URA-a i „Evrope sad“, podigne spomenik mitropolitu Amfilohiju Radoviću, glavnom obnovitelju i nastavljaču politike mitropolita Lipovca. S druge strane, SPC je svoje antifašističke i procrnogorske sveštenike iz Drugog svjetskog rata izbrisala iz svoje istorije, a njihov antifašizam je svjesno odbacila. SPC ne podnosi čak ni sopstvene antifašiste, naročito ako su procrnogorski.
Dragutin Papović, poslanik DPS-a u Skupštini Crne Gore
